L'estrazione è sempre seguita da operazioni che consentono di eliminare le particelle di cera, le altre impurezze e le bolle d'aria che si sono mescolate al miele nel corso della fase di estrazione. Tale scopo si ottiene mediante la filtrazione e la successiva decantazione, sfruttando la differenza di peso specifico fra le particelle di cera e le bolle d'aria ed il miele. Filtrazione e decantazione vengono eseguite in successione per fornire un prodotto ottimale da un punto di vista igienico.

Questa fase rappresenta un punto critico di controllo in quanto permette di ridurre notevolmente il rischio di immettere sul mercato miele contenente particelle estranee. E' molto importante che questa fase di eliminazione delle impurità avvenga in questo momento del ciclo produttivo in quanto solo nella fase che immediatamente segue l'estrazione il miele si trova, senza bisogno di ulteriori passaggi, allo stato liquido e alla temperatura ideale per procedere agevolmente alla filtrazione e alla decantazione. In momenti successivi servirebbero dei processi di riscaldamento o completa fusione (per eliminare i cristalli che impedirebbero la filtrazione) che oltre ad alterare il prodotto comporterebbero un aumento di costi e una tecnologia incompatibile con la piccola realtà produttiva dell'allevamento.

E' importante sottolineare che la eliminazione delle impurità deve essere intesa soprattutto finalizzata a trattenere le impurità di tipo intrinseco (granuli di propoli, pollini, parti di ape) e quelle formatesi per forza di cose nei processi di estrazione (frammenti di cera e bolle d'aria), mentre l'assenza di corpi estranei di natura accidentale (polveri, residui di terriccio, parti vegetali, fibre provenienti da abiti, schegge di legno o di metallo, schegge di vernice, insetti e parti di essi) e' conseguenza della applicazione delle corrette norme igieniche nelle fasi di produzione primaria, trasporto dei melari al laboratorio ed estrazione. Questa fase rappresenta quindi anche un punto di monitoraggio delle fasi precedenti in quanto la presenza eventuale di questi corpi estranei oltre limiti accettabili sarebbe indice di problemi intervenuti nelle suddette fasi . Data la natura e l'origine del prodotto il rilevamento di frammenti di ape entro certi limiti può essere sopportabile, mentre non è considerata ammissibile la presenza di parti o di escrementi di altra artropofauna.

La filtrazione viene eseguita in aggiunta alla decantazione, prima di questo processo. Viene utilizzato un filtro a rete posizionato sopra al maturatore, con ampia superficie di filtrazione, attraverso il quale viene fatto passare il miele direttamente proveniente dallo smelatore. Durante questa operazione massima attenzione viene fatta per evitare l'introduzione di nuove impurità. I filtri utilizzati sono quindi puliti e il vestiario dell'operatore adeguato alla situazione

La decantazione consiste nel lasciare il miele a riposo in un adeguato contenitore, chiamato impropriamente maturatore, in modo che le impurezze dotate di un diverso peso specifico si separino dalla massa del miele concentrandosi in gran parte in superficie (cera, insetti e loro parti, materiali organici di varia natura, bolle d'aria) e in piccola parte sul fondo (particelle minerali e metalliche) da dove possono essere facilmente eliminate. La velocità di decantazione varia a seconda della viscosità del miele, a sua volta in funzione della temperatura e del contenuto di acqua, e del diametro delle particelle. Le particelle più fini si separano più lentamente.

Di norma la decantazione avviene a temperature ambiente di 25-30° ed è abbastanza veloce, tant'è che di solito dopo due settimane il processo è completato. Durante la decantazione il contenitore viene tenuto riparato da apposito coperchio per evitare contaminazioni e assorbimento di umidità (il miele e' fortemente igroscopico trattandosi di soluzione sovrasatura di zuccheri). Nella fase di decantazione, essendo le dimensioni del contenitore relativamente grandi (per il tipo di apiario) si ha anche una omogeneizzazione delle caratteristiche del miele raccolto dai diversi melari in modo da avere un prodotto il più possibile uniforme.